由于肛门部神经丰富，感觉敏锐，受刺激后易发生疼痛或剧烈疼痛，可表现为刺痛、胀痛、灼痛、坠痛等，多发生在便时，便后或其他时间也常有发生。肛门直肠病变中，发生在齿线以下的有肛窦炎、肛裂、外痔、肛周炎、肛周脓肿、肛瘘等，这些疾病都可引起不同程度的肛门疼痛。可根据以下疼痛的分类，结合疼痛的性质、各种疾病的特点和伴随的其他症状综合后加以辨别。
（1）排便后疼痛。多见于肛裂，混合痔内痔部嵌顿、肛窦炎等。
（2）持续性疼痛。多见于肛周脓肿、肛瘘发炎、血栓性外痔、肛管直肠癌、肛门直肠异物（如鱼刺、鸡骨、钉、针等）。肛周脓肿除剧烈疼痛外，还伴有肿胀，下肢活动受限，这主要是脓肿在肌肉间压迫神经肌肉，反射性引起疼痛所致。
（3）间歇性疼痛。可见于肛门神经官能症。
（4）肛门部坠痛。多见于直肠炎、肛窦炎、菌痢、肛周脓肿、宫颈癌晚期侵及或压迫肛门直肠时。